2002-03赛季,马刺更新了“嘉年华彩色”队标,回归原始的银、黑图形,以纪念大卫·罗宾逊的最后一个赛季。马刺取得了60胜22负的常规赛成绩,这是波波维奇担任主帅以来首次率队取得60胜战绩,他也获得了自己的首个年度最佳教练奖。季后赛第一轮,马刺以4比2淘汰太阳。西部半决赛4比2淘汰老对手湖人,西部决赛4比2淘汰小牛。总决赛,马刺击败篮网,赢得第二座NBA总冠军奖杯。邓肯包揽了常规赛和总决赛的MVP。他在总决赛中场均砍下24.2分17个篮板5.33次封盖5.3次助攻,加冕的第6战更是劈下21分20个篮板10次助攻8次盖帽的逆天数据,险些成为总决赛上达成四双壮举的历史第一人。[6]
2003年-2016年:GDP时期
2003-04赛季,球队以9胜10负开局,然而,马刺在年底连胜13场,重返联盟榜首。马刺以一个11连胜为常规赛收尾,但可惜以一场之差错失赛区冠军和西部最佳历史成绩。季后赛中,马刺4场横扫孟菲斯灰熊队。第二轮,马刺再度遭遇湖人队。湖人队在先输两场的情况下连扳四场。这个系列赛的转折点是德里克·费舍尔在第5场比赛还剩下0.4秒时投中了压哨的致胜球。
2004-2005赛季 马刺第三冠
2004-05赛季,马刺队从西雅图得到了后卫布伦特·巴里,从纽约得到了中锋纳兹尔·穆罕穆德并签下老将格伦·罗宾逊,以59胜23负的战绩结束常规赛,在西南分区排名第一,西部排名第二。季后赛中,马刺以4比1轻取丹佛掘金队,4比2击败西雅图超音速队,4比1淘汰菲尼克斯太阳队。总决赛对阵拉里·布朗率领的底特律活塞队,马刺先声夺人,场均赢18分保住两个主场,移师底特律后活塞还以颜色,场均赢24分将大比分扳成2比2。天王山之战两队使出浑身解数,进入加时赛还是难分伯仲,最后时刻罗伯特·霍里2+1帮助马刺96:95险胜。活塞拿下第6战后双方进入抢七,马刺最终以81:74加冕。7场总决赛邓肯场均20.6分14.1个篮板2.1次盖帽,再次收下FMVP奖杯。[7]
2005-06赛季,马刺得到了两届全明星迈克尔·芬利和全明星尼克·范埃克塞尔,前19场比赛取得16场胜利,并最终荣登西南区头名,同时将球队历史最佳战绩刷新为63胜19负。季后赛首轮马刺4比2淘汰国王队。西部半决赛上对阵同为60+胜的达拉斯小牛,首场邓肯砍下全场最高的31分,帮助马刺87比85艰难取胜。第二场,马刺在主场22分之差惨败小牛。移师达拉斯再战,小牛连胜两场,将总比分扩至3-1。第五场,背水一战的马刺全队疯抢篮板,以98-97赢下肉搏战。第六场马刺91比86力克小牛,把“抢七”大战带回AT&T中心。第七场决战,马刺在常规时间末节展开反扑,抹平了20分的分差,将比赛拖入加时。但是加时赛上小牛火力全开轰下15分,最终以119-111战胜了马刺。
2006-2007赛季 马刺第四冠
2006-07赛季,马刺开局14场比赛中赢了11场。12月2日战胜国王队后,马刺超越凯尔特人,以59.5%的胜率成为了NBA历史上常规赛胜率第二高的球队。在常规赛末段的31场比赛中,马刺成为了联盟里胜率最高的球队(25胜6负),最终以联盟第一的防守和58胜24负的常规赛战绩进入季后赛。首轮比赛马刺4比1淘汰丹佛掘金队。次轮邓肯以场均30.2分12.5个篮板3.1记盖帽带领马刺4-2淘汰菲尼克斯太阳队。西部决赛马刺4-1轻取犹他爵士。随后在总决赛中以4比0横扫勒布朗·詹姆斯率领的克利夫兰骑士队,再夺总冠军,成为NBA历史上继凯尔特人、湖人、公牛队后,第四支夺得4次及以上总冠军的NBA球队。托尼·帕克以场均24.5分5个篮板3.3次助攻当选总决赛MVP,成为NBA历史上首个外籍FMVP。休赛期马刺股东买下了NBA发展联盟的奥斯汀公牛队(后改名奥斯汀马刺队),成为第二支拥有发展联盟球队的NBA球队。[8]
2007-08赛季,马刺打出了17胜3负的强劲开局,以56胜26负的成绩以排名西部第三挺进季后赛。季后赛首轮马刺4-1淘汰菲尼克斯太阳队。次轮鏖战7场后险胜克里斯·保罗领衔的新奥尔良黄蜂队,与湖人会师西部决赛,但最终1-4遗憾结束卫冕之旅。选秀大会上,马刺队以第37顺位选中了乔治·希尔。
2008-09赛季,三连败的开局创造了1973年以来的球队最差开局。马努·吉诺比利因为右脚踝扭伤只打了44场比赛。托尼·帕克打出了职业生涯的得分和助攻新高。马刺以54胜28负结束常规赛,位列西部第三、西南赛区第一。但在季后赛首轮中1-4不敌达拉斯小牛队。选秀大会前两天,马刺将布鲁斯·鲍文、科特·托马斯和法布里西奥·奥博托三位老将送至密尔沃基雄鹿队,换来29岁的锋卫摇摆人理查德·杰弗森。